最近のもっぱらの仕事はWebシステムの開発がほとんどですが、なぜJavaアプリケーションの開発が少ないのでしょうか。私の視点からすれば、Java言語を使うよりも別の言語の方が向いているWebシステムはたくさんあると思います。
人の入れ替わるプロジェクトなら誰でも同じようなコードになるJavaが適しているとも言えるかもしれませんが、他のスクリプト言語などに比べどうしても手間です。
例えば、Strutsフレームワーク上で動くシステムを作るとして、まず下準備が大変です。足りないタグリブを補ったり、設定ファイルもいろいろ書かなければなりません。画面遷移ごとにXMLにマッピングを追加したりしますし、単純にデータベースの値を一覧表示するだけでも、時間がかかります。
その点、Perl、PHP、RubyなどはWebのような開発には向いています。フレームワークも多くありますし、テキストと直結している面があるのでJSPの役割自体が不要と言えます。正規表現もほぼ直接書けますし。いずれにしても、Ruby on Railsフレームワークと同等の速度で開発することは非常に難しいと言えるでしょう。
逆にJava言語での開発メリットを挙げるなら、安全なコードが記述しやすく他のプログラマーに強制もしやすいので、頑固なWebアプリケーションが必要な場合は有利かもしれません。
私はいかにもJava言語が向いているのはGUIアプリケーション開発だと思います。「JavaのGUIは遅い」というのはある程度は本当ですが、それだけを理由に選択肢から外すには勿体無いと思います。
完全なオブジェクト指向開発が行えるので開発工数は少なくできますし、メンテナンスもやり易いです。国際化にも柔軟ですし、プラットフォーム間をまたげる利点もあります。
SourceForge.netでJavaのプロジェクトがC++のそれを抜いたという記事がありましたが、まだまだ日本のフリーソフトや開発案件を見る限り少ないと思いますので、より一般的になるべきかと思います。